Nyheter och press

Stort intresse för digital patologi

Kring 60 personer kom till SciLifeLabs workshop. Här föreläser Peter Bankhead från Belfast om en programvara för digital patologi.

Vilka digitala hjälpmedel kan hjälpa patologer med analysen av prover? Det var temat för en workshop den 9 november vid institutionen för informationsteknologi för både datavetare och patologer.

Professor Carolina Wählby.
Foto: Mikael Wallerstedt

– Vi hade räknat med 20 besökare men det kom ungefär 60. Det var jätteroligt att det kom så många från medicinsidan, säger Carolina Wählby, professor vid institutionen för informationsteknologi och director för SciLifeLabs plattform BioImage Informatics.

Under workshopen presenterades en programvara med öppen källkod (open source), som används vid plattformen.

– Vi brukar jobba med gratis programvara, för att kunna erbjuda flexibilitet och inte vara beroende av licenser. Det här är det första riktigt bra verktyget för digital patologi som är open source, och den öppna källkoden gör det möjligt för oss att bygga vidare med nya funktioner, säger Carolina Wählby.

Internationell gästföreläsare

Vid workshopen gavs också en föreläsning av Jeroen van der Laak från Radboud University Medical Center i Nijmegen, Nederländerna, som är världsledande inom artificiell intelligens och patologi. Dagen efter var han opponent vid doktoranden Sajith K. Sadanandans disputation. Föreläsningen lockade alltså många även utanför institutionen för informationsteknologi.

– Det är otroligt mycket som händer inom digital patologi, både på forskningssidan och inom företag som ser möjligheterna med de nya verktygen, säger Carolina Wählby.

När det gäller röntgenbilder var det 20 år sedan man gick från papper till digitalt. Nu pågår samma förändring inom patologin. Dagens patologer kan scanna sina vävnadsprover och titta på dem på datorns bildskärm snarare än att sitta lutade över ett mikroskop.

– Istället för att posta glasprover till kollegor och externa experter kan man skicka en länk. När man går från mikroskop till bildskärm öppnas möjligheter att använda digitala hjälpmedel.

Träna datorn att se strukturer

Med ”deep learning” kan man träna upp datorn att känna igen strukturer och mönster. Bilderna är så stora att det inte går att titta på hela bilden samtidigt i hög upplösning. Datorn kan bearbeta all information, hitta misstänkta strukturer och guida patologen, som sedan är den som fattar beslutet.

– En av deltagarna jämförde med piloter som också har ansvar för människoliv, och hur de använder datorstöd. Även inom sjukvården behövs hjälp med att fatta beslut. Jag tror att många ser det här inte som ett hot utan som en möjlighet, säger Carolina Wählby.

– Med digitala hjälpmedel kan man få bort mycket av det tråkiga jobbet och fokusera på de viktiga frågorna.

---

Läs mer

SciLifeLabs plattform BioImage Informatics vid SciLifeLab

 

2017-12-04