Evolutionär profilering av nya varianter av influensavirus

Tidsperiod: 2016-01-01 till 2019-12-31

Projektledare: John Pettersson

Finansiär: Formas

Bidragstyp: Oklassificerat

Budget: 4 369 840 SEK

Influensa A-virus (IAV) utgör ett av de största hoten mot människor och andra djurs hälsa, trots tillgången till vaccin och antivirala läkemedel. En av de största utmaningarna är att kunna göra en förutsägelse om vilken subtyp eller genetisk variant av en subtyp som har störst epidemisk potential, där dessa kunde utgöra ett mål för övervakning och riktade åtgärder. Det huvudsakliga målet med detta projekt är att använda olika nyutvecklade bioinformatiska analysverktyg för att genomföra en genomisk riskutvärdering av influensavirus. Jag kommer att utveckla ett bioinformatiskt ramverk för att i realtid övervaka, profilera och utvärdera den epidemiska och pandemiska potentialen av cirkulerande IAV-subtyper och varianter av subtyper, genom att jämföra förändringar i populationstillväxt och selektionstryck mellan och inom olika tidsperioder. Arbetet och analyserna kommer att baseras på hel- och partiellgenomisk data från olika IAV-subtyper med ursprung från fåglar, människor och grisar som finns tillgängligt via publika och kontinuerligt uppdaterade databaser och influensaövervakningsnätverk.Ett sådant ramverk kommer inte bara ha stor betydelse för hur man kan förbättra övervakningsinsatser samt potentiellt förebygga och lindra effekterna av en influensa epidemi eller pandemi inom folkhälso- och veterinärmedicin, men kommer även att förbättra vår förståelse för de krafter som verkar på populations- och evolutionär nivå under utvecklingen och uppkomsten av nya epidemier.