Dynamiken hos genregulatoriska nätverk som funktion av stress i Mykobakterier

Tidsperiod: 2018-01-01 till 2020-12-31

Projektledare: B M Fredrik Pettersson, Fredrik Pettersson

Finansiär: Formas

Bidragstyp: Oklassificerat

Budget: 2 975 115 SEK

Genernas reglernätverk har en viktig roll i t.ex. signaltransduktion, celldifferentiering och anpassning till varierande livsmiljöer. Mykobakterier utsätts för många olika stressförhållanden inuti värdkroppen vid infektioner och som frilevande ute i naturen. För att anpassa sig till dessa stressframkallande miljöer så ändrar de sitt genuttryck på ett komplext sätt m.h.a. DNA-bindande transkriptionsfaktorer och andra reglermolekyler. Studier av reglernätverken och dessas dynamik vid olika typer av stress kommer att öka vår förståelse av hur mykobakterier anpassar sig till och överlever dessa stresser och ge oss en bättre förståelse av mykobakteriers patogenes. Analyser av totaltranskriptomdata (RNA-Seq) från 10 olika stressförhållanden och flera tillväxtförhållanden och av totaltranskriptomdata från överuttryck av enskilda sigmafaktorer från fisk- och opportunistiska humanpatogenen M. marinum (ett modellsystem för M. tuberculosis) har lett till att vi kunnat identifiera stresspecifika transkriptionsregulatorer. Det är dock okänt vilka gener dessa i sin tur reglerar och hur de själva regleras vid olika typer av stress. Vi kommer att identifiera till vilka gener dessa transkriptionsregulatorer binder m.h.a. CLIP-Seq vid olika former av stress. Med dessa data kommer vi kunna konstruera genreglerande ”stressmoduler” som är aktiva vid en viss stress. Kunskap om detta kan leda till att nya målmolekyler för antibiotikabehandling av mykobakteriella sjukdomar kan identifieras.