Mål och funktioner för DNA-metylering i akut leukemi

Tidsperiod: 2010-01-01 till 2015-12-31

Finansiär: SSF, Stiftelsen för strategisk forskning

Bidragstyp: Projektbidrag

Budget: 20 000 000 SEK

Epigenetisk metylering av CpG-positioner i människans arvsmassa kan utgöra en riskfaktor för akut lymfatisk leukemi (ALL) och akut myeloid leukemi (AML). Vårt mål är att identifiera gener med varation i metyleringen av CpG-positionerna och att utnyttja metyleringsnivåerna för CpG-positionerna som biomarkörer vid klassificering av ALL- och AML-patienter och för att förutspå patienternas sjukdomsförlopp och behandlingssvar. Vi skall använda oss av ny teknologi för massivt parallell DNA-sekvensning av bisulfitbehandlat DNA för att identifiera variabla metyleringspositionerna i DNA från leukemiceller från ALL- och AML-pateinter. Ett ambitiöst mål för vårt projekt är att utföra fullständig sekvensanalys av hela ”epigenomet” hos två ALL-patienter med olika kromosomförändringar. Efter att ha identifierat de metylerade CpG-positionerna med bisuliftsekvensning, skall vi bestämma metyleringsnivån för CpG-postionerna i de viktigaste generna i ett stort antal patientprover med hjälp av ”epigenotypning”. Vi kommer även att studera hur metylering av CpG positioner påverka genuttryck. Vårt projekt har tillgång till en unik biobank med ALL- och AML-prover som etablerats av den Nordiska föreningen för pediatrisk hematologi och onkologi. För analys av metyleringsdatat mot kliniska parametrar skall vi använda ett ”systemmedicinskt” tillvägagångssätt för analys av multivariat data, som baserar sig på moderna metoder för övervakad inlärning för optimal identifiering av subgrupper i ALL och AML.