Den svenska Covid-19-dataportalen fyller ett år

3 juni 2021

illustration av virusmolekyler

Den svenska Covid-19-dataportalen används förutom av forskare inom vård och industri och av allmänhet och press.

För ett år sedan lanserades den svenska Covid-19-dataportalen som stödjer forskare att använda svenska och europeiska tjänster för att dela forskningsdata. Sedan starten har portalen haft över 20 000 användare och gett direkt stöd till ett stort antal forskningsprojekt.

Den svenska Covid-19-dataportalen utvecklas och drivs av SciLifeLab Data Centre och samarbetspartners på uppdrag av Vetenskapsrådet. Förutom av forskare används portalen till exempel inom vård, industri, allmänhet och press. Portalen tillgängliggör forskningsdata, information, tjänster och verktyg och är den svenska noden i ett europeiskt samarbete.

Johan Rung, chef för SciLifeLab Data Centre.
Foto: Mikael Wallerstedt

En av tjänsterna i portalen är en publikationsdatabas, där under det första året över 1 300 covid-19-relaterade forskningspublikationer sammanställts. Dessa publikationer har minst en medförfattare anknuten till ett svenskt universitet eller institut. I många av dessa publikationer har forskare öppet delat forskningsdata och teamet bakom portalen är glada att ha bidragit med stöd till ett antal av dessa forskargrupper.

– Den svenska Covid-19-dataportalen har fått ett mycket positivt mottagande både nationellt och internationellt under detta första år. Tack vare portalen har vi etablerat samarbeten med ett internationellt nätverk av organisationer som fokuserar på öppen datadelning och med europeiska infrastrukturer för forskningsdata, säger Johan Rung, chef för SciLifeLab Data Centre.

Utvecklat flera tjänster

Under året har ett antal tjänster utvecklats. Förutom publikationsdatabasen har man till exempel byggt upp ett provsamlingsregister så att forskare kan dela information om provsamlingar och biobanker med prover som kan användas för covid-19-forskning. Databasen är utvecklad i samarbete med Biobank Sverige och innehåller både kliniska och akademiska provsamlingar. Portalen tillgängliggör även statistik relaterad till sars-cov2-testning och virusnivåer i avloppsvattenprover.

– Covid-19-dataportalen kommer att fortsätta utveckla de funktioner och verktyg som redan tillgängliggjorts. Men i takt med att situationen för pandemin förändras mot ett fokus på vaccinforskning och beredskap mot framtida pandemier, kommer även portalen utvecklas för att möta de nya behoven, säger Johan Rung.

Den svenska Covid-19-dataportalen hjälper också forskare att synliggöra sin forskning, både mot forskarsamhället och mot allmänheten. Två partnerprojekt med egna tjänster och resurser delar också sin information genom portalen: Crush Covid (Uppsala universitet och Region Uppsala) och COVID Symptom Study Sweden (Lunds universitet och Uppsala universitet). Den sektion som just nu är mest välbesökt är resultaten från testning av virusnivåer i avloppsvatten från Uppsala och omgivande kommuner, Stockholm, Umeå och Örebro.

Tävling för forskare och allmänhet

För att stärka engagemanget och demonstrera den vetenskapliga betydelsen av datadelning lanserar dataportalen nu tävlingen ”COVID-19 Data & Code Reuse Competition”. Både forskare och allmänhet bjuds in att bidra med projekt som återanvänder data eller kod som tillgängliggjorts via Covid-19-dataportalen.

– Vi är djupt tacksamma att forskare väljer att dela med sig av sina forskningsdata och på så sätt bidrar till accelererad forskning, ökad reproducerbarhet och nya analyser. Detta kan i sin tur generera nya forskningsresultat och ny kunskap. Vårt mål är att ytterligare förbättra stödet till de viktiga samhällsinsatser som sker som svar på denna pandemi, säger Johan Rung.

Covid-19-dataportalen

  • För att bekämpa den pågående Covid-19-pandemin har det ställts höga krav på internationella samarbeten. Öppen delning av forskningsdata och kod, möjligheter att återanvända forskningsdata och fokus på att främja samarbeten är viktiga verktyg för att främja forskning och utveckling.
  • Våren 2020 tog Europeiska kommissionen initiativ till att utveckla en europeisk datadelnings-plattform, som drivs av European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI).
  • I Sverige fick Vetenskapsrådet uppdraget att samordna det svenska deltagandet i plattformen, och SciLifeLab Data Centre har på deras uppdrag utvecklat och drivit den svenska Covid-19-dataportalen. Den 3:e juni är det precis ett år sedan portalen lanserades.

Prenumerera på Uppsala universitets nyhetsbrev

Namn
E-postadress
Senast uppdaterad: 2021-05-31