Behörighetskrav

120 hp inklusive Bioinformatisk metodik och Genombiologi

Mål

Kursen skall ge kunskaper om molekylära evolutionsprocesser, kunskaper och färdigheter i fylogenianalys och hur denna kan användas för att studera (molekylär) evolution.

Efter godkänd kurs skall studenten kunna

• beskriva evolutionära processer på molekylär nivå
• tillämpa molekylära metoder för att studera genetisk variation inom och mellan arter
• förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
• förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
• skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
• välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem

Innehåll

Mutationsprocessen, evolution av mutationshastighet, evolution av DNA-sekvenser, molekylära klockan, selektion och drift på molekylär nivå, nukleotidsammansättning, polymorfism och SNPs.

Fylogenetiska träd och andra modeller. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.

Undervisning

Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.

Examination

Skriftligt prov (4 hp), datorövningar (4 hp), projekt (2 hp).