Diskret beräkningsbiologi
Kursplan, Avancerad nivå, 1MB415
- Kod
- 1MB415
- Utbildningsnivå
- Avancerad nivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Bioinformatik A1N, Teknik A1N
- Betygsskala
- Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 16 mars 2010
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
120 hp inklusive Bioinformatisk metodik, Sannolikhet och statistik, Programmeringsteknik II och Databasteknik I.
Mål
Kursen skall ge kunskap om centrala begrepp inom bioinformatik, beräkningsbiologi och systembiologi, träning i att använda abstraktions- och modelleringsfärdigheter för att skapa och tolka beräkningsstrukturer samt förmåga att kunna använda ett datorbaserat explorativt tänkande och experimenterade inom livsvetenskaperna.
Efter godkänd kurs skall studenten kunna
- använda datastrukturer och algoritmer för att självständigt utforma dataprogram som modellerar beräkningsbaserade problem inom livsvetenskaperna, relaterade till sekvens, struktur och funktion hos biologiska enheter.
- tillämpa kunskaper inom diskret matematik för att kunna modellera levande system: satslogik, kombinatorik, grafer och automat.
- tillämpa tekniker för att hantera komplexiteten av problem och komplexiteten av algoritmer.
- modellera grundläggande koncept i livsvetenskaperna såsom fylogeni och evolution, transkriptions- och andra nätverk, annotering av en gen och dess produkter samt protein-protein interaktioner.
Innehåll
Abstraktions- och modelleringsprinciper: rekursiva procedurabstraktioner och de processer de skapar; hierarkiska dataabstraktioner såsom sekvens och träd; muterbara datastrukturer, köer och matriser samt strömmande gränssnitt.
Sammansatta metoder tillämpade på utvalda biologiska problem: DNA-mapping och sekvensering, prediktion av gener och identifiering av proteiner, omorganisation av genom, molekylär evolution.
Grundläggande systembiologiska begrepp: enkla nätverksmodeller och ontologier.
Undervisning
Föreläsningar och datorövningar.
Examination
Skriftligt prov vid kursens slut (7 hp). Inlämningsuppgifter och datorövningar (3 hp).