Bioinformatisk strukturbiologi
Kursplan, Grundnivå, 1MB202
Kursen är avvecklad.
- Kod
- 1MB202
- Utbildningsnivå
- Grundnivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Biologi G1F
- Betygsskala
- Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 27 april 2012
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
Introduktion till bioteknik och bioinformatik. Cellbiologi.
Mål
Efter godkänd kurs ska studenten kunna
- redogöra för struktur av proteiner, DNA och RNA
- förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
- beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
- förklara grundläggande principer för experimentella metoder för strukturbestämning av makromolekyler
- använda sekvens- och strukturdatabaser
- använda datorprogram för att visualisera tredimensionella strukturer och med hjälp av dessa kunna analysera struktur-funktionssamband
- bedöma validiteten hos information i strukturella databaser
- använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
- redogöra för mål, teoretisk bakgrund och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat
Innehåll
Makromolekylers uppbyggnad och egenskaper (proteiner, DNA, RNA). Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet. Makromolekylers funktion belyst av ett antal exempel inom områden såsom enzymer, membranproteiner, signalering och translation.
Biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för modellbygge. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Datormodellering av tredimensionell struktur baserad på sekvensdata; sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur.
Undervisning
Föreläsningar, seminarier och datorövningar.
Examination
Dugga, seminarieuppgifter och skriftligt prov vid kursens slut. I kursen ingående laborationer/övningar och seminarier är poängsatta med 2 hp.
Litteraturlista
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2019
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2015
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2013
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2012
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2011
- Litteraturlista giltig från och med höstterminen 2008