Behörighetskrav

Introduktion till bioteknik och bioinformatik. Cellbiologi.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för struktur av proteiner, DNA och RNA
• förklara sambandet mellan proteinsekvens och proteinstruktur
• beskriva hur struktur leder till funktion inom olika biologiska områden såsom katalys, transport och reglering
• förklara grundläggande principer för experimentella metoder för strukturbestämning av makromolekyler
• använda sekvens- och strukturdatabaser
• använda datorprogram för att visualisera tredimensionella strukturer och med hjälp av dessa kunna analysera struktur-funktionssamband
• bedöma validiteten hos information i strukturella databaser
• använda bioinformatiska verktyg för sekvensinpassning, motivigenkänning och förutsägelse av sekundär- och tertiärstruktur
• redogöra för mål, teoretisk bakgrund och begränsningar hos ovanstående bioinformatiska metoder och använda denna kunskap till att tolka resultat

Innehåll

Makromolekylers uppbyggnad och egenskaper (proteiner, DNA, RNA). Relation mellan sekvens, struktur och funktion. Strukturell bakgrund till makromolekylers dynamik, bindningsspecificitet, katalys och kooperativitet. Makromolekylers funktion belyst av ett antal exempel inom områden såsom enzymer, membranproteiner, signalering och translation.

Översikt av biologiska databaser, servrar och informationscentra. Sekvensjämförelser. Grundläggande makromolekylär struktur: tredimensionell struktur, PDB-koordinater, klassificering av proteiner i strukturfamiljer, program för analys och jämförelse av strukturer. Introduktion till teorin för klassificering och jämförelse av sekvenser och extraktion av gemensamma särdrag (t.ex. motiv). Sekvensanalys för förutsägelse av sekundär och tertiär struktur, homologimodellering av tredimensionell struktur.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorövningar. Närvaro vid seminarier och deltagande i datorövningar är obligatorisk.

Examination

Dugga, seminarieuppgifter och skriftligt prov vid kursens slut. I kursen ingående laborationer/övningar och seminarier är poängsatta med 2 hp.