Behörighetskrav

Kandidatexamen inklusive: Alt. 1) 15 hp matematik/statistik samt 45 hp biologi varav 30 hp i molekylärbiologi, cellbiologi, evolution och/eller genetik; Alt. 2) 30 hp matematik och 30 hp datavetenskap.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• redogöra för och använda metoder inom sekvensbioinformatik, såsom sekvensinpassning, fylogenetisk analys och mönsterigenkänning
• redogöra för och använda metoder inom strukturbioinformatik, såsom klassificering av proteinstrukturer, strukturprediktion, simuleringar och struktur-baserad läkemedelsdesign
• kritiskt analysera och sammanställa resultat från bioinformatiska analyser
• lösa givna biologiska problem genom att använda lämpliga bioinformatiska metoder och databaser
• använda och konstruera enklare skript i R.

I kursen ingår en introduktion till masterstudier. Efter godkänd delkurs ska studenten kunna:

• visa medvetenhet om etiska aspekter på forsknings- och utvecklingsarbete, inklusive plagieringsfrågor och lika villkor/lika behandling
• visa insikt om bioinformatikens möjligheter, begränsningar och roll i samhället
• göra en individuell studieplan.

Innehåll

Grundläggande sekvens- och strukturbioinformatik samt introduktion till bioinformatiska algoritmer. Parvis och multipel sekvensinpassning. Metoder för fylogenetisk analys och mönsterigenkänning. Bioinformatiska databaser och servrar. Klassificering och jämförelse av proteinstrukturer. Förutsägelse av sekundär och tertiär struktur från sekvens- och homologimodellering av proteiners tredimensionella struktur. Molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning med tillämpningar inom läkemedelsdesign. Tillämpningar av bioinformatisk forskning. Datorlaborationer i bioinformatisk forskningsmiljö. Introduktion till grundläggande programmering i R. Etiska aspekter inom utbildning, forskning och utvecklingsarbete. Bioinformatikens roll i samhället. Lika villkor/lika behandling avseende samtliga diskrimineringsgrunder.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier och datorlaborationer.

Examination

Introduktion till masterstudier: aktivt deltagande i seminarier, skriftlig rapport samt genomförd studieplanering (2 hp).

Sekvensbioinformatik: skriftligt prov och laborationsrapporter (3,5 hp).

Strukturbioinformatik: skriftligt prov och laborationsrapporter (3,5 hp).

Introduktion till programmering i R: laborationsrapporter (1 hp).