Behörighetskrav

120 hp inom civilingenjörsprogrammet i molekylär bioteknik inklusive Bioteknisk metodik, Genomik - experimentella metoder och Multivariat dataanalys och försöksplanering.

Mål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna

• redogöra för mätmetoder för att studera proteom och metabolom, inklusive deras för- och nackdelar med avseende på t.ex. arbetsinsats, kostnader, känslighet och skalbarhet
• utföra rådataanalys på insamlad mätdata, såsom identifiering och minimering av systematiska och slumpmässiga mätfel, konvertering till standardiserade format, kvalitetskontroll och identifiering av metaboliter och proteiner
• redogöra för applikationer för proteomik och metabolomik inom biomedicin och biologi
• välja mätmetoder och utföra grundläggande experimentell försöksplanering för givna biologiska och biomedicinska problem.

Innehåll

Introduktion till proteomik och metabolomik. Statistiska aspekter både före och efter design och genomförande av experiment inom proteomik och metabolomik. Mätmetoder med tillhörande metoder för rådataanalys avsedda att studera proteomet, särskilt masspektroskopi och antikroppsbaserade metoder. ätmetoder med tillhörande metoder för rådataanalys avsedda att studera metabolomet, särskilt masspektroskopi och NMR-spektroskopi. Grundläggande experimentell design vid analys med hjälp av mass- och NMR-spektroskopi. Publika databasresurser för centrala problem som t.ex. spektrumbaserad identifiering av metaboliter och nätverksanalys av protein-protein interaktioner (”interactomics”). Biomedicinska och biologiska tillämpningsexempel inom farmakologi, patologi, toxikologi och cellbiologi.

Undervisning

Föreläsningar, seminarier, och datorlaborationer.

Examination

Skriftlig tentamen (3 hp), seminarier datorlaborationer (2 hp).