Molekylär evolution och fylogenianalys
Kursplan, Avancerad nivå, 1MB446
Kursen är avvecklad.
- Kod
- 1MB446
- Utbildningsnivå
- Avancerad nivå
- Huvudområde(n) med fördjupning
- Bioinformatik A1F, Teknik A1F
- Betygsskala
- Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
- Fastställd av
- Teknisk-naturvetenskapliga fakultetsnämnden, 30 augusti 2018
- Ansvarig institution
- Institutionen för biologisk grundutbildning
Behörighetskrav
120 hp inklusive Bioinformatisk metodik och Genombiologi
Mål
Kursen skall ge kunskaper om molekylära evolutionsprocesser, kunskaper och färdigheter i fylogenianalys och hur denna kan användas för att studera (molekylär) evolution.
Efter godkänd kurs skall studenten kunna:
- beskriva evolutionära processer på molekylär nivå
- tillämpa molekylära metoder för att studera genetisk variation inom och mellan arter
- förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
- förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
- skissera och tillämpa processen att göra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
- välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
Innehåll
Mutationsprocessen, evolution av mutationshastighet, evolution av DNA-sekvenser, molekylära klockan, selektion och drift på molekylär nivå, nukleotidsammansättning, polymorfism och SNPs.
Fylogenetiska träd och andra modeller. Optimalitetskriterier för val av hypotes. Substitutionsmodeller för DNA och andra datatyper. Superträd, konsensusträd, kompatibilitet mellan träd. Algoritmer för evaluering av trädrummet; Markov Chain Monte Carlo, genetiska algoritmer. Evaluering av resultat från fylogenianalyser, datering av fylogenier.
Undervisning
Undervisningen ges i form av föreläsningar och datorövningar.
Examination
Skriftligt prov (4 hp), datorövningar (4 hp), projekt (2 hp).
Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.