Bioinformatiska analyser IIa

5 hp

Kursplan, Avancerad nivå, 1BG337

Kod
1BG337
Utbildningsnivå
Avancerad nivå
Huvudområde(n) med fördjupning
Biologi A1N, Teknik A1N
Betygsskala
Underkänd (U), godkänd (3), icke utan beröm godkänd (4), med beröm godkänd (5)
Fastställd av
Naturvetenskapliga utbildningsnämnden, 17 september 2018
Ansvarig institution
Institutionen för biologisk grundutbildning

Behörighetskrav

Bioinformatiska analyser I. Engelska 6. (Med en svensk kandidatexamen uppfylls kravet på engelska.)

Mål

Kursen fokuserar på evolutionära analyser och analyser av biologisk mångfald. Efter kursen skall studenten kunna

  • förklara och motivera olika modeller för sekvensevolution
  • förklara och värdera olika fylogenetiska optimalitetskriterier samt välja lämpligt kriterium för att lösa ett givet problem
  • skissera och tillämpa processen att utföra och utvärdera en fylogenianalys samt förklara de olika delmomenten
  • förklara principerna för aktuella multivariata metoder
  • välja och tillämpa (för problemområdet) existerande programvara på givna biologiska problem
  • kritiskt analysera, värdera och sammanställa erhållna resultat

Innehåll

Kursen behandlar främst bioinformatik med inriktning på evolutionära analyser och innehåller följande moment och aspekter:

Modeller för sekvensevolution och statistiska sekvensjämförelser. Fylogenianalys; träd och nätverk, parsimoni, distansmetoder, sannolikhetsbaserade metoder (maximum likelihood och Bayesiansk inferens). Multivariata metoder för datareduktion och visualisering (PCA och MDS).

Undervisning

Undervisningen ges i form av datorbaserad nätundervisning,datorövningar och projektuppgift.

Examination

Delkurser: Teori 2 hp; datorövningar 2 hp; projekt 1 hp

Teoridelen examineras med ett skriftligt prov . Delkurserna datorövningar och projekt redovisas skriftligen.

Om särskilda skäl finns får examinator göra undantag från det angivna examinationssättet och medge att en enskild student examineras på annat sätt. Särskilda skäl kan t.ex. vara besked om särskilt pedagogiskt stöd från universitetets samordnare för studenter med funktionsnedsättning.

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin