Jan Andersson labb

21-9


Beskrivning

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.

Jan Andersson labb

De allra flesta eukaryota organismer är mikrober. Vi använder storskalig sekvensering och jämförande genomik för att studera dessa organismer. Vi är särskilt intresserade av evolutionära processer som påverkar genomen hos gruppen diplomonader (t.ex. Giardia och Spironucleus) hur de relaterar till den fenotypiska diversitet som finns i den här fascinerande gruppen av organismer.

Populärvetenskaplig presentation

Det övergripande målet för vår forskning är att förstå vilka evolutionära processer som har påverkat, och fortfarande påverkar, arvsmassan och lett till förändringar av biologin hos eukaryota mikroorganismer. Vi fokuserar på diplomonader, en grupp som utmärker sig genom att ha arvmassan fördelad i två separata cellkärnor. Kunskap från vår forskning ger en djupare förståelse för uppkomsten och evolutionen av parasiter och vilka roller som eukaryota mikroorganismer har i miljön.

Sedan många år använder jag en grupp av organismer som heter diplomonader som modell. Med hjälp av sekvenseringsteknologi kartlägger vi arvsmassan för olika diplomonader. Med bioinformatiska metoder identifiera vi skillnader och likheter inom gruppen och mellan diplomonader och andra organismer. Sedan försöker vi koppla skillnaderna i arvsmassan med skillnader i biologin.

Gruppen diplomonader innehåller parasiter som t.ex. infekterar människor (Giardia lamblia) eller fiskar (Sprionucleus salmonicida), men även arter som inte ger upphov till sjukdom i värdorganismen och arter som lever fritt i miljön. Vi har visat att diplomonader har anpassat sig till att leva i syrefattiga miljöer genom att ta upp arvsmassa från andra organismer. Vi har också visat att vissa diplomonader har hydrogenosomer som är vätgasproducerande organeller.

Våra studier av genomsekvenser visar på att snabb evolution av genfamiljer har bidragit ytterligare till specialiseringar inom gruppen. Mycket tyder också på att diplomonader har möjlighet att utbyta genetisk information genom sexuell rekombination som antagligen endast sker sporadiskt. Vår forskning har bidragit till att diplomonader nu är en av de bättre studerade grupperna av mikrobiella eukaryoter.

Forskning

Diplomonader är en grupp av eukaryoter som lever i syrefattiga miljöer och som har studeras huvudsakligen på grund av deras patogenicitet, grundläggande cellstruktur och evolutionära egenheter. De flesta diplomonads har t.ex. två transkriptionellt aktiva kärnor och ingen sexuell cykel har observerats, även om det finns olika tecken på rekombination. Den mesta forskningen har tidigare varit inriktad på en enda art, Giardia intestinalis, vilket är en viktig tarmparasit hos människor.

Vi studerar för närvarande diplomonader funna i olika nischer (frilevande, kommensaler och parasiter). Forskningen utförs i en större grupp som använder ett brett spektrum av metoder, allt från experimentella fiskinfektioner till avancerade fylogenetiska metoder. Syftet är att få insikt i olika aspekter av cellbiologi, patogenicitet och evolution hos olika diplomonads.

Inom vår grupp fokuserar vi främst på evolutionära aspekter av biologin hos diplomonader. Vi använder bioinformatiska verktyg, såsom assembly, annotering och fylogenetiska verktyg, för att svara på evolutionära frågor såsom:

  • Hur har diplomonader anpassat tig till ökade syrenivåer under utvecklingen mot patogena livsstil?
  • Hur har fritt levande diplomonader såsom Trepomonas och Hexamita anpassat sig till sin livsstil?
  • Vad kan vi lära oss om sexuella eller parasexualla livscykler utifrån strukturen hos genomet?

People

Jan Andersson, Universitetslektor

Publikationer

Senast uppdaterad:

FÖLJ UPPSALA UNIVERSITET PÅ

facebook
instagram
twitter
youtube
linkedin