Klasson labb
![](/images/200.5802768b18f3eee3e29116b5/1714995525014/klasson-labb.jpg)
Forskningen i min grupp är inriktad på symbiotiska bakterier som lever inuti eukaryota celler. Våra huvudsakliga intressen är att ta reda på hur dessa förhållanden påverkar genomets evolution, bestämma genetiska faktorer som är inblandade i värdinteraktioner och utforska mångfalden av symbiotiska bakterier i naturen. Vi använder främst genomik tillsammans med jämförande genomanalyser för att besvara dessa frågor.
Samverkan
- Kostas Bourtzis, University of Western Greece, Greece
- Siv Andersson, Uppsala University, Sweden
- Wolfgang Miller, Medical University of Vienna, Austria
- Yuval Gottlieb-Dror, The Hebrew University of Jerusalem, Israel
- Olle Terenius, Swedish University of Agricultural Sciences, Sweden
- Julie Dunning-Hotopp, IGS, University of Maryland School of Medicine, USA
Populärvetenskaplig presentation
Mikroorganismer som inte kan odlas på plattor eller i rena kulturer utgör en stor del av biomassan och den genetiska mångfalden på jorden, men på grund av svårigheterna att studera dem har de ofta förbisetts eller förblivit oupptäckta. Bland denna grupp finns mikroorganismer som lever is symbios med flercelliga djur och växter, varav många har visat sig ha stor inverkan på både sjukdom och hälsa hos sina värdorganismer.
En djurgrupp där nära förhållanden med mikroorganismer är vanliga är insekter, som är den djurgrupp med flest beskrivna arter på jorden. Deras framgång kan till viss del förklaras med att de har lyckats anpassa sig till ovanliga och näringsfattiga dieter, såsom blod och växtsav, med hjälp av de mikrober som lever inuti dem. En del av dessa symbionter är därför helt nödvändiga för värdens överlevnad, men för många andra vet vi ännu ingenting om vad de gör i sin värd.
I vår forskning studerar vi bland annat den symbiotiska bakterien Wolbachia som bor inne i cellerna hos många olika insektsarter och påverkar deras fortplantning på olika sätt. Wolbachia kan till exempel omvandla hanar till honor, selektivt döda manliga embryon och framkalla asexuell fortplantning så att endast kvinnlig avkomma produceras. Varför? Eftersom Wolbachia endast överförs från honornas äggcell till avkomman måste Wolbachia infektera honor för att kunna överleva och spridas. För att förhindra att icke-infekterade avkommor produceras, kan Wolbachia även sterilisera infekterade hanar om de försöker att para sig med en oinfekterad hona. Denna sterilitetseffekt kallas cytoplasmatisk inkompatibilitet (CI), och är i fokus för en stor del av vår forskning eftersom ett av våra mål är att ta reda på vilka Wolbachia-gener som orsakar CI.
För att nå detta mål och lära oss mer om den naturliga mångfalden av symbiotiska bakterier, sekvenserar vi arvsmassan från många olika Wolbachia-stammar och andra bakterier som lever i insekter och leddjur och jämför dem med varandra. Med denna metod kan vi lära oss mer om hur dessa bakterier har anpassat sig till att leva i symbios och förhoppningsvis förstå hur de påverkar sin värd.
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut labore et dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco laboris nisi ut aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in voluptate velit esse cillum dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat non proident, sunt in culpa qui officia deserunt mollit anim id est laborum.
Forskning
Mikroorganismer som inte kan odlas på plattor eller i rena kulturer utgör en stor del av biomassan och den genetiska mångfalden på jorden, men på grund av svårigheterna att studera dem har de ofta förbisetts eller förblivit oupptäckta. Bland denna grupp finns mikroorganismer som lever is symbios med flercelliga djur och växter, varav många har visat sig ha stor inverkan på både sjukdom och hälsa hos sina värdorganismer.
Min forskning fokuserar på symbiotiska bakterier som inte kan leva utanför en eukaryot värdcell. Mina huvudintressen är att ta reda på hur dessa nära förhållanden påverkar arvsmassan, bestämma vilka genetiska faktorer som är inblandade i värdinteraktioner och utforska mångfalden av symbiotiska bakterier i naturen. Jag använder oftast sekvensering och jämförande genomik för att försöka besvara dessa frågor.
Wolbachia
Wolbachia är en bakterieart som består av endast en erkänd art, Wolbachia pipientis, med flera divergernta supergrupper. Alla medlemmar är intracellulära endosymbionter som infekterar ryggradslösa djur, och det har uppskattats att så många som 60% av alla insektsarter på jorden är infekterade av Wolbachia. Infektionen överförs normalt sett från mor till avkomma och Wolbachia har utvecklat minst fyra olika sätt att manipulera fortplaningen hos sin värd i syfte att öka antalet infekterade honor i en population. Den vanligaste uttryckta fenotypen är cytoplasmtisk inkompatibilitet (CI) som resulterar i embryonal död i korsningar mellan oinfekterade honor och infekterade hanar. De infekterade honorna får härmed en reproduktiv fördel framför de oinfekterade honorna i en population och CI kan således leda till spridning av Wolbachia in i en tidigare oinfekterad population. Dessutom kan dubbelriktad CI uppstå om honan och hanen är infekterade med olika Wolbachia stammar och har föreslagits vara en möjlig orsak till artbildning hos värden och kan även utnyttjas som en metod för biologisk bekämpning av sjukdomsbärande insekter. Än så länge är den underliggande molekylära mekanismen för CI och de genetiska faktorer hos Wolbachia som är inblandade i denna fenotyp okända.
För närvarande arbetar vi med flera genomprojekt där vi sekvenserar Wolbachia-stammar som infekterar olika Drosophila arter i syfte att fastställa de evolutionära mekanismer som är inblandade i att forma deras arvsmassa och bestämma de genetiska faktorerna som är involverade i fenotypisk expression. Vi tittar även på vilken effekt Wolbachia har på genuttrycket i värden genom att använda RNAseq.
Diversitet av symbiotiska bakterier
En djurgrupp där nära förhållanden med mikroorganismer är vanliga är insekter, som är den djurgrupp med flest beskrivna arter på jorden. Deras framgång kan till viss del förklaras att de har lyckats anpassa sig till ovanliga nischer och näringsfattiga dieter, såsom blod och växtsav, med hjälp av de mikrober som lever inuti dem. En del av dessa symbionter är därför helt nödvändiga för värdens överlevnad, men för många andra vet vi ännu ingenting om vad de gör i sin värd.
Vi har ett arbetsflöde där vi går från att samla in enstaka insekter till att sekvensera deras symbionter med enkla laboratoriemetoder och helgenomsamplifiering. Denna metod gör det möjligt för oss studera den endosymbiotiska mångfalden från många olika insektsarter och från sällsynt eller dissekerat material. Det övergripande målet är att studera mångfald och genomevolution i symbionter, och om möjligt, få en förståelse för vad de gör.
För detta ändamål, letar vi efter samarbetspartners som antingen har intressanta symbionter de vill sekvensera, eller som vill samla in insekter för screening och sekvensering.
Gruppmedlemmar
Publikationer
Ingår i Molecular Phylogenetics and Evolution, 2023
- DOI för Multiple introgressions shape mitochondrial evolutionary history in Drosophila paulistorum and the Drosophila willistoni group
- Ladda ner fulltext (pdf) av Multiple introgressions shape mitochondrial evolutionary history in Drosophila paulistorum and the Drosophila willistoni group
Ingår i Molecular Ecology, s. 6259-6272, 2021
- DOI för Comparative genome sequencing reveals insights into the dynamics of Wolbachia in native and invasive cherry fruit flies
- Ladda ner fulltext (pdf) av Comparative genome sequencing reveals insights into the dynamics of Wolbachia in native and invasive cherry fruit flies
Comparative Genomics Reveals Factors Associated with Phenotypic Expression of Wolbachia
Ingår i Genome Biology and Evolution, 2021
- DOI för Comparative Genomics Reveals Factors Associated with Phenotypic Expression of Wolbachia
- Ladda ner fulltext (pdf) av Comparative Genomics Reveals Factors Associated with Phenotypic Expression of Wolbachia
Ingår i Molecular biology and evolution, s. 2-15, 2021
- DOI för Life and Death of Selfish Genes: Comparative Genomics Reveals the Dynamic Evolution of Cytoplasmic Incompatibility
- Ladda ner fulltext (pdf) av Life and Death of Selfish Genes: Comparative Genomics Reveals the Dynamic Evolution of Cytoplasmic Incompatibility
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 720-735, 2020
- DOI för Parallel Sequencing of Wolbachia wCer2 from Donor and Novel Hosts Reveals Multiple Incompatibility Factors and Genome Stability after Host Transfers
- Ladda ner fulltext (pdf) av Parallel Sequencing of Wolbachia wCer2 from Donor and Novel Hosts Reveals Multiple Incompatibility Factors and Genome Stability after Host Transfers
Ingår i BMC Genomics, 2019
- DOI för Genome expansion of an obligate parthenogenesis-associated Wolbachia poses an exception to the symbiont reduction model
- Ladda ner fulltext (pdf) av Genome expansion of an obligate parthenogenesis-associated Wolbachia poses an exception to the symbiont reduction model
Ingår i BMC Genomics, 2019
- DOI för The effect of Wolbachia on gene expression in Drosophila paulistorum and its implications for symbiont-induced host speciation
- Ladda ner fulltext (pdf) av The effect of Wolbachia on gene expression in Drosophila paulistorum and its implications for symbiont-induced host speciation
Ingår i G3, s. 373-374, 2018
- DOI för The Complexities and Nuances of Analyzing the Genome of Drosophila ananassae and Its Wolbachia Endosymbiont
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Complexities and Nuances of Analyzing the Genome of Drosophila ananassae and Its Wolbachia Endosymbiont
The unpredictable road to reduction
Ingår i Nature ecology and evolution, s. 1062-1063, 2017
Ingår i Genome Biology and Evolution, s. 1779-1796, 2015
- DOI för Distinctive Genome Reduction Rates Revealed by Genomic Analyses of Two Coxiella-Like Endosymbionts in Ticks
- Ladda ner fulltext (pdf) av Distinctive Genome Reduction Rates Revealed by Genomic Analyses of Two Coxiella-Like Endosymbionts in Ticks
Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
Ingår i BMC Genomics, s. 1097, 2014
- DOI för Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
- Ladda ner fulltext (pdf) av Extensive duplication of the Wolbachia DNA in chromosome four of Drosophila ananassae
Ingår i BMC Microbiology, s. 121, 2014
- DOI för More than fishing in the dark: PCR of a dispersed sequence produces simple but ultrasensitive Wolbachia detection
- Ladda ner fulltext (pdf) av More than fishing in the dark: PCR of a dispersed sequence produces simple but ultrasensitive Wolbachia detection
Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
Ingår i PLOS Genetics, 2013
- DOI för Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
- Ladda ner fulltext (pdf) av Comparative Genomics of Wolbachia and the Bacterial Species Concept
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för Testing the Reproducibility of Multiple Displacement Amplification on Genomes of Clonal Endosymbiont Populations
- Ladda ner fulltext (pdf) av Testing the Reproducibility of Multiple Displacement Amplification on Genomes of Clonal Endosymbiont Populations
The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
Ingår i PLOS ONE, 2013
- DOI för The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Diversity and Evolution of Wolbachia Ankyrin Repeat Domain Genes
The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Ingår i Nature, s. 579-584, 2013
- DOI för The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution
Horizontal gene transfer between Wolbachia and the mosquito Aedes aegypti.
Ingår i BMC Genomics, s. 33, 2009
The mosaic genome structure of the Wolbachia wRi strain infecting Drosophila simulans
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, s. 5725-5730, 2009
Genome evolution of Wolbachia strain wPip from the Culex pipiens group.
Ingår i Molecular biology and evolution, s. 1877-87, 2008
Ankyrin repeat domain-encoding genes in the wPip strain of Wolbachia from the Culex pipiens group.
Ingår i BMC Biology, s. 39, 2007
Evolution of minimal-gene-sets in host-dependent bacteria
Ingår i Trends in Microbiology, s. 37-43, 2004
Evolution of minimal-gene-sets in host-dependent bacteria.
Ingår i Trends in Microbiology, s. 37-43, 2004
50 million years of genomic stasis in endosymbiotic bacteria.
Ingår i Science, s. 2376-9, 2002
Comparative genomics of microbial pathogens and symbionts.
Ingår i Bioinformatics, 2002
Microbial genome evolution: sources of variability.
Ingår i Current Opinion in Microbiology, s. 506-12, 2002
Mutualists and parasites: how to paint yourself into a (metabolic) corner.
Ingår i FEBS Letters, s. 135-9, 2001
Ingår i Journal of Applied Microbiology, s. 614-20, 2001
People
Dr. Lisa Klasson, Universitetslektor
Mercè Montoliu Nerin, Postdoktor
Konstantinos Papachristos, Doktorand