Xingqi Chen – Studier av cellers öden genom att undersöka enskilda celler
Målet för vår forskning är att förstå vad som bestämmer en cells öde under utveckling och vid sjukdomar. Vi utvecklar avancerade tekniker för att systematiskt kunna studera skillnader mellan enskilda celler och hitta de faktorer som är inblandade i att kontrollera specifika cellöden.
Vi är fascinerade av varför celler som innehåller exakt samma DNA ändå kan få olika öden. Vad är det till exempel som gör att vissa celler i kroppen blir till cancerceller men inte andra? Och hur kan stamceller differentiera ut till helt olika celltyper?
Vårt övergripande mål är att förstå betydelsen av epigenetisk reglering av cellers öde vid sjukdomar hos människa. Epigenetik innebär modifieringar av arvsmassan som påverkar dess funktion, utan att själva DNA-sekvensen ändras. För att uppnå detta mål har vi två huvudsakliga tillvägagångssätt:
- Att avläsa mikromiljön i tumörens omgivning för ett flertal celltyper från primära cancerformer med hjälp av tekniker att studera enskilda celler, så kallade singelcell-tekniker.
- Att utveckla avancerade singelcell-tekniker.
Resultaten från vår forskning kan ge bättre kunskap om cancerutveckling på singelcellnivå och bidra till utvecklingen av kliniska diagnosverktyg. På sikt hoppas vi kunna upptäcka nya mål för cancerbehandling.
Karaktärisering av flera lager av information i enskilda celler
Den senaste tidens utveckling av singelcell-tekniker har gjort det möjligt att förstå skillnader mellan celler genom att studera epigenetisk reglering, avläsning av gener och produktion av proteiner i enskilda celler.
Däremot kan analyser av bara en typ av molekyl ge en ofullständig bild av verkligheten eftersom cellens tillstånd beror på ett intrikat samspel mellan arvsmassan, genaktivitet och produktionen av proteiner. För att helt förstå cellens komplexitet behöver vi kunna karaktärisera flera lager av information som processas i en cirkulär loop i exakt samma cell.
I min tidigare verksamhet har jag fokuserat på utveckling av singelcell-tekniker. Jag har tagit fram två metoder som kan användas för att analysera flera olika egenskaper hos en cell vid ett och samma tillfälle, antingen i provrör eller i vävnader. Dessa kommer jag nu att använda i mina planerade forskningsprojekt.
Mer information på gruppens webbsida: www.chenlabuppsala.com
Publikationer
Ingår i PLoS Pathogens, 2024
- DOI för Porcine circovirus type 2 infection promotes the SUMOylation of nucleophosmin-1 to facilitate the viral circular single-stranded DNA replication
- Ladda ner fulltext (pdf) av Porcine circovirus type 2 infection promotes the SUMOylation of nucleophosmin-1 to facilitate the viral circular single-stranded DNA replication
Heparanase Modulates Chromatin Accessibility
Ingår i Cells, 2023
- DOI för Heparanase Modulates Chromatin Accessibility
- Ladda ner fulltext (pdf) av Heparanase Modulates Chromatin Accessibility
Identification of ATF3 as a novel protective signature of quiescent colorectal tumor cells
Ingår i Cell Death and Disease, 2023
- DOI för Identification of ATF3 as a novel protective signature of quiescent colorectal tumor cells
- Ladda ner fulltext (pdf) av Identification of ATF3 as a novel protective signature of quiescent colorectal tumor cells
A Highly Sensitive Method to Efficiently Profile the Histone Modifications of FFPE Samples
Ingår i Bio-protocol, 2022
BRD2 compartmentalizes the accessible genome
Ingår i Nature Genetics, s. 481-491, 2022
Ingår i Nature Communications, 2022
- DOI för Cell-lineage controlled epigenetic regulation in glioblastoma stem cells determines functionally distinct subgroups and predicts patient survival
- Ladda ner fulltext (pdf) av Cell-lineage controlled epigenetic regulation in glioblastoma stem cells determines functionally distinct subgroups and predicts patient survival
Dormant SOX9-Positive Cells Facilitate MYC-Driven Recurrence of Medulloblastoma
Ingår i Cancer Research, s. 4586-4603, 2022
- DOI för Dormant SOX9-Positive Cells Facilitate MYC-Driven Recurrence of Medulloblastoma
- Ladda ner fulltext (pdf) av Dormant SOX9-Positive Cells Facilitate MYC-Driven Recurrence of Medulloblastoma
Epigenomic priming of immune genes implicates oligodendroglia in multiple sclerosis susceptibility
Ingår i Neuron, s. 1193-1210, 2022
- DOI för Epigenomic priming of immune genes implicates oligodendroglia in multiple sclerosis susceptibility
- Ladda ner fulltext (pdf) av Epigenomic priming of immune genes implicates oligodendroglia in multiple sclerosis susceptibility
Ingår i Physical Review B, 2022
Ingår i Physical Review B, 2022
Profiling chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded samples
Ingår i Genome Research, s. 150-161, 2022
- DOI för Profiling chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded samples
- Ladda ner fulltext (pdf) av Profiling chromatin accessibility in formalin-fixed paraffin-embedded samples
Ingår i Journal of Investigative Dermatology, s. 705-716, 2022
- DOI för Single-Cell Analysis Reveals Major Histocompatibility Complex II-Expressing Keratinocytes in Pressure Ulcers with Worse Healing Outcomes
- Ladda ner fulltext (pdf) av Single-Cell Analysis Reveals Major Histocompatibility Complex II-Expressing Keratinocytes in Pressure Ulcers with Worse Healing Outcomes
Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency
Ingår i Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022
- DOI för Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency
- Ladda ner fulltext (pdf) av Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency
Ingår i Nucleic Acids Research, 2021
- DOI för FACT-seq: profiling histone modifications in formalin-fixed paraffin-embedded samples with low cell numbers
- Ladda ner fulltext (pdf) av FACT-seq: profiling histone modifications in formalin-fixed paraffin-embedded samples with low cell numbers
Ingår i Nature Communications, 2021
- DOI för Focal amplifications are associated with chromothripsis events and diverse prognoses in gastric cardia adenocarcinoma
- Ladda ner fulltext (pdf) av Focal amplifications are associated with chromothripsis events and diverse prognoses in gastric cardia adenocarcinoma
Ingår i The FASEB Journal, 2021
Ingår i Physical Review B, 2021
- DOI för Structural phase transition in monolayer gold(I) telluride: From a room-temperature topological insulator to an auxetic semiconductor
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structural phase transition in monolayer gold(I) telluride: From a room-temperature topological insulator to an auxetic semiconductor
Super enhancers-Functional cores under the 3D genome
Ingår i Cell Proliferation, 2021
- DOI för Super enhancers-Functional cores under the 3D genome
- Ladda ner fulltext (pdf) av Super enhancers-Functional cores under the 3D genome
Ingår i Omics, s. 652-659, 2021
- DOI för The Thioesterase ACOT1 as a Regulator of Lipid Metabolism in Type 2 Diabetes Detected in a Multi-Omics Study of Human Liver
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Thioesterase ACOT1 as a Regulator of Lipid Metabolism in Type 2 Diabetes Detected in a Multi-Omics Study of Human Liver
3D ATAC-PALM: super-resolution imaging of the accessible genome
Ingår i Nature Methods, s. 430-436, 2020
Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression
Ingår i Nature, s. 699-703, 2019