Forskningsprojekt i Danielsons grupp

Målsättningen med vår forskning är att öka kunskapen om hur molekyler interagerar med varandra och hur olika egenskaper hos molekylerna och miljön påverkar interaktionerna. Detta är viktigt för att förstå hur biologiska processer styrs och centralt för utveckling av nya effektiva och säkra läkemedel.

Bara små skillnader i strukturen på en molekyl kan vara avgörande för vilken biologisk effekt den har. Många sjukdomar beror på att regleringen av en viktig biologisk process inte fungerar normalt eftersom en av de inblandade molekylerna har en förändring i sin struktur eller finns i fel koncentration på stället där de har sin verkan. Läkemedel är molekyler som designats specifikt för att interagera med något protein som kan rätta till sådana problem. Om den organism som molekylen är tänkt att påverka svarar på behandlingen genom att mutera och därmed ändra strukturen på proteinet som molekylen har optimerats för att interagera med så kan effekten helt utebli. Det är grunden för en allvarlig typ av läkemedelsresistens som är särskilt vanlig hos virus.

Metodutveckling

Vi har byggt upp en unik kompetens kring hur biosensorer kan användas inom läkemedelsutveckling för att analysera molekylära interaktioner i detalj. Nya metoder och strategier utvecklas kontinuerligt, och vi har många samarbeten med andra forskargrupper och företag som är intresserade av metodutveckling och användandet av biosensorer för interaktionsanalyser. Dessutom ingår vi i SciLifeLabs läkemedelsutvecklingsplattform där vi bistår deras projekt med experimentella analyser. Vi har spetskompetens inom olika typer av biosensortekniker som Biocore (Cytiva), Wave (Creoptix) och switchSENSE (Dynamic Biosensors), men arbetar även med röntgenkristallografi, enzymanalyser, molekylär kloning, proteinproduktion och proteinteknik.

SMYD3

SMYD3 står för SET and MYND-domain containing protein 3. Proteinet är ett lysin-N-metyltransferas som modifierar histoner och är involverat i cancer och andra epigenetiskt reglerade sjukdomar. Vi undersöker proteinets biologiska roll i dessa processer via identifiering av ligander som kan störa dess funktion.

Du kan läsa mer om projektet i vår senaste artikel Discovery of an allosteric ligand binding site in SMYD3 lysine methyltransferase.

Konformationsförändringar i jonkanaler

Vi studerar hur olika ligander kan generera specifika konformationsförändringar i jonkanaler och därmed reglera hur de öppnas och stängs.

Du kan läsa mer om vårt senaste projekt inom området i artikeln Discovery of fragments inducing conformational effects in dynamic proteins using a second-harmonic generation biosensor.