Holmqvist labb
Bakteriers levnadsförhållanden karaktäriseras av ständig stress. Exempel på orsaker till stress är snabba och påfrestande miljöförändringar, konkurrens med andra mikroorganismer och, inte minst, immunförsvaret hos en värdorganism. För att kunna överleva och föröka sig krävs att bakterier svarar på sådana påfrestningar genom att med adekvata förändringar i genuttryck anpassa sin fysiologi. I vår forskning studerar vi olika aspekter av bakteriers genreglering, med fokus på funktionen av RNA-bindande proteiner och regulatoriska RNA-molekyler. Vårt mål är identifiera och karaktärisera de reglermekanismer som bakterier använder sig av, samt att förstå hur dessa påverkar bakteriers fysiologi och virulens.
Populärvetenskaplig presentation
Målet med min forskning är att få en djupare förståelse för de molekylära processer som gör att sjukdomsalstrande bakterier framgångsrikt kan infektera, och reproduceras inuti mänskliga värdceller. Tidigare forskning har visat att bakteriella proteiner vars uppgift är att binda till ribonukleinsyror (RNA), så kallade RNA-bindande proteiner, är mycket viktiga för bakteriers infektionskraft: bakterier som saknar vissa av dessa proteiner visar starkt reducerad virulens, men orsaken till detta är inte fastlagd. Centralt för att förstå de underliggande orsakerna till hur RNA-bindande proteiner styr bakteriers infektionsförmåga är att identifiera vilka RNA-molekyler de binder till under infektionsförloppet. Jag använder metoder baserade på den senaste tekniken för att få en djupare förståelse för de mekanismer RNA-bindande proteiner använder, samt hur dessa proteiners aktivitet påverkar bakteriers fysiologi och virulens.
Forskning
...
Gruppmedlemmar
Publikationer
Ingår i mSphere, 2024
- DOI för ProQ-dependent activation of Salmonella virulence genes mediated by post-transcriptional control of PhoP synthesis
- Ladda ner fulltext (pdf) av ProQ-dependent activation of Salmonella virulence genes mediated by post-transcriptional control of PhoP synthesis
Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins
Ingår i eLIFE, 2023
- DOI för Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av Rescue of Escherichia coli auxotrophy by de novo small proteins
RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
Ingår i Nucleic Acids Research, s. 4572-4587, 2023
- DOI för RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
- Ladda ner fulltext (pdf) av RNA interactome capture in Escherichia coli globally identifies RNA-binding proteins
CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA
Ingår i Molecular Microbiology, s. 4-9, 2022
- DOI för CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA
- Ladda ner fulltext (pdf) av CsrA enters Hfq's territory: Regulation of a base-pairing small RNA
The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella
Ingår i Molecular and Cellular Biology, 2022
- DOI för The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella
- Ladda ner fulltext (pdf) av The RNA-binding protein ProQ promotes antibiotic persistence in Salmonella
Ingår i Nucleic Acids Research, s. 9992-10006, 2021
- DOI för Saturation mutagenesis charts the functional landscape of Salmonella ProQ and reveals a gene regulatory function of its C-terminal domain
- Ladda ner fulltext (pdf) av Saturation mutagenesis charts the functional landscape of Salmonella ProQ and reveals a gene regulatory function of its C-terminal domain
Ingår i RNA Biology, s. 872-880, 2020
- DOI för Small RNAs OmrA and OmrB promote class III flagellar gene expression by inhibiting the synthesis of anti-Sigma factor FlgM
- Ladda ner fulltext (pdf) av Small RNAs OmrA and OmrB promote class III flagellar gene expression by inhibiting the synthesis of anti-Sigma factor FlgM
The Length of a DNA T-Tract Modulates Expression of a Virulence-Regulating sRNA
Ingår i Molecular Cell, s. 175-177, 2020
Ingår i mBio, 2020
- DOI för The Small Toxic Salmonella Protein TimP Targets the Cytoplasmic Membrane and Is Repressed by the Small RNA TimR
- Ladda ner fulltext (pdf) av The Small Toxic Salmonella Protein TimP Targets the Cytoplasmic Membrane and Is Repressed by the Small RNA TimR
Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation
Ingår i EMBO Journal, 2019
- DOI för Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation
- Ladda ner fulltext (pdf) av Hfq-dependent mRNA unfolding promotes sRNA-based inhibition of translation
Ingår i Molecular Cell, s. 971-982, 2018
Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein
Ingår i RNA, s. 696-711, 2017
- DOI för Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein
- Ladda ner fulltext (pdf) av Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein
Ingår i Nucleic Acids Research, 2013
- DOI för Massive functional mapping of a 5'-UTR by saturation mutagenesis, phenotypic sorting and deep sequencing
- Ladda ner fulltext (pdf) av Massive functional mapping of a 5'-UTR by saturation mutagenesis, phenotypic sorting and deep sequencing
A mixed double negative feedback loop between the sRNA MicF and the global regulator Lrp
Ingår i Molecular Microbiology, s. 414-427, 2012
Two antisense RNAs target the transcriptional regulator CsgD to inhibit curli synthesis
Ingår i EMBO Journal, s. 1840-1850, 2010
Ingår i PLoS Genetics, 2009
Hfq-dependent regulation of OmpA synthesis is mediated by an an-tisense RNA.
Ingår i Genes & Development, s. 2355-2366, 2005
Medarbetare
...