Forskningsprojekt i Ivarssons grupp

I en cell sker det mer än 100,000 protein-protein interaktioner i varje stund, och dessa är helt avgörande för cellens funktion. När det uppstår fel i protein-interaktioner, som exempelvis vid mutation av en bindningsyta, kan det leda till sjukdomar såsom olika sorters cancer. Idag känner vi bara till en bråkdel av alla interaktioner, och stora insatser görs för att kartlägga dem.

I vår grupp fokuserar vi på interaktioner mellan veckade proteiner och bindningsmotiv som finns i de ostrukturerade delarna av proteomet. För detta har vi tagit fram en ny metod, proteomisk fagdisplay, som kan användas för att identifiera interaktioner av potentiell biologisk relevans. Våra försök genererar ofta stora mängder data och vi filtrerar fram relevanta interaktioner med hjälp av bioinformatik. Vi gör också detaljerade funktionella studier av valda interaktioner. Med vår forskning bidrar vi med ny kunskap om vilka interaktioner som kan ske i humana celler i friskt och sjukt tillstånd.

Interaktionsprofilering genom proteomisk peptidfagdisplay

En betydande del av det mänskliga proteomet är oordnat. De oordnade regionerna innehåller en hög andel korta motiv som fungerar som dockningsplatser för peptidbindningsmoduler. Interaktioner mellan peptider och motiv är avgörande för kopplingen av signalvägar. Dessa viktiga men tillfälliga interaktioner är svåra att fånga med de flesta konventionella metoder med högt dataflöde. Vi tillämpar ett nytt tillvägagångssätt för storskalig profilering av domän-motivinteraktioner som kallas proteomisk peptidfagdisplay (ProP-PD) (Ivarsson et al, 2014, Sundell & Ivarsson, 2014). ProP-PD kan användas för att söka efter protein-motivinteraktioner av potentiell biologisk relevans på en proteomomfattande skala och det ger information som är komplementär till andra storskaliga metoder.