Information om provinsamlingen

U-CAN är verksamt inom följande områden:

• Bröstcancer
• Gynekologisk cancer
• Hjärntumörer
• Huvud- och halscancer
• Kolorektalcancer
• Leukemier
• Lever-, gallgångs- och bukspottskörtelcancer
• Levermetastaser (oavsett lokalisering av primärtumör)
• Lungcancer
• Lymfom
• Magsäck- och matstrupscancer
• Neuroendokrin cancer
• Njurcancer
• Organtransplanterade med cancer
• Prostatacancer
• Testikelcancer
• Cancer och Covid-19 (avslutad insamling)

Läs mer om diagnoserna på sidan U-CANs diagnosområden

Vätskebaserade prov

Plasma

Blodprov för plasmapreparation tas i i 2x7 ml EDTA-rör (lila kork). Vid Klinisk kemi ankomstkvitteras provet av automationsbanan och centrifugeras vid 2400g i 7 minuter (maskin: Tecan 100 EVO2 / EVO3). Plasman överförs i cirka 16 alikvoter om ca 220 µl till 96-hålsplatta och fryses direkt. Vid ankomst till Biobanken långtidsförvaras plasmaproverna vid -80 °C. Tiden från "arm-till-frys" skall inte överstiga 4 timmar.

Serum

Blodprov för serumpreparation tas i i 1x7 ml serumrör med gel (gul kork). Vid Klinisk kemi ankomstkvitteras provet av automationsbanan och får stå i minst 30 minuter i rumstemperatur innan de centrifugeras vid 2400g i 7 minuter (maskin: Tecan 100 EVO2 / EVO3). Serumet överförs i cirka 8 alikvoter om ca 220 µl till 96-hålsplatta och fryses direkt. Vid ankomst till Biobanken långtidsförvaras serumproverna vid -80 °C. Tiden från "arm-till-frys" skall inte överstiga 4 timmar.

Helblod - DNA

Helblod för DNA-preparation tas i 1x7 ml EDTA-rör (lila kork). Vid Klinisk kemi ankomstkvitteras provet av automationsbanan och fryses direkt. Vid ankomst till Biobanken långtidsförvaras helblodet vid -80 °C. Inför preparation av DNA från blodet tinas röret upp och alikvoteras om i mindre rör som sedan omfryses för framtida behov. Av det upptinade blodet används 200 µl för DNA-preparation i Uppsala biobanks automatiserade process (blodet placeras i en 96-håls NucleoSpin 96 Blood Core Kit-platta och prepareras i en Genomic STARlet-robot). Preparerat DNA sparas vid -20 °C.

Saliv - DNA

Salivprov insamlas i OrageneDNA-rör. Vid Klinisk kemi ankomstkvitteras provet och kylförvaras i Uppsala biobank vid 4 °C innan det skickas för DNA-preparation till Karolinska Institutet (insamlade salivprov skickas i omgångar 1-2 gånger per år). Preparerat DNA återförs sedan till Uppsala biobank och sparas vid -20 °C.

Urin

Urin insamlas i plaströr utan tillsats. Vid Klinisk kemi ankomstkvitteras provet manuellt och centrifugeras manuellt vid 2400g, i 7 minuter. Urinen hälls därefter över i ett 7 ml vakuumrör för urin och fryses direkt. Vid ankomst till Biobanken långtidsförvaras urinproverna vid -80 °C.

Vävnadsprov

Formalinfixerad och paraffininbäddad vävnad

Vävnaden ankommer till Klinisk patologi på is eller i kyld NaCl-lösning. Patologen ankomstregistrerar vävnaden och bedömning/utskärning av representativa bitar sker av patolog. Vävnaden fixeras i formalin under cirka 1 dygn, dehydreras cirka 2 dygn och inbäddas sedan i paraffin. Bitarna snittas och används för diagnostiskt bruk inom ramen för klinisk patologis verksamhet och diagnostiska behov. Kvarvarande vävnadsklossar kan, efter att det diagnostiska behovet är uppfyllt, användas för forskningssyften. Dock har det diagnostiska behovet alltid företräde framför forskningsanvändningen. Därför får materialet exempelvis inte förbrukas i sin helhet, och innan användning/snittning av materialet för forskning bör kvarvarande mängd vävnad i klossen bedömmas av en patolog.

Färskfrusen tumörvävnad

Vävnaden ankommer till Klinisk patologi på is eller i kyld NaCl-lösning. Patologen ankomstregistrerar vävnaden och bedömning/utskärning av representativa bitar sker av patolog. Finns det tillräckligt med vävnad för att färskfrysas utan att äventyra diagnostiken med formalinfixering placeras en representativ vävnadsbit i en märkt plastform och övertäcks med OCT frysmedium. Biten fryses sedan omedelbart i isopentan som kylts av torris. Vävnadsbiten långtidsförvaras i -70 °C. Vävnaden betraktas både som diagnostiskt material och som forskningsmaterial där det diagnostiska behovet alltid har företräde framför forskningsanvändningen. Därför får materialet exempelvis inte förbrukas i sin helhet, och innan användning/snittning av materialet för forskning bör kvarvarande mängd vävnad i klossen bedömas av en patolog.

Färskfrusen normalvävnad

Vävnaden ankommer till Klinisk patologi på is eller i kyld NaCl-lösning. Patologen ankomstregistrerar vävnaden och bedömning/utskärning av representativa bitar sker av patolog. Om det finns makroskopiskt sett normal intilliggande vävnad i provet vilken ej heller behövs för diagnostik, placeras en representativ vävnadsbit i en märkt plastform och övertäcks med OCT frysmedium. Biten fryses sedan omedelbart i isopentan som kylts av torris. Vävnadsbiten långtidsförvaras i -70 °C. Vävnaden betraktas både som diagnostiskt material och som forskningsmaterial där det diagnostiska behovet alltid har företräde framför forskningsanvändningen. Därför får materialet exempelvis inte förbrukas i sin helhet, och innan användning/snittning av materialet för forskning bör kvarvarande mängd vävnad i klossen bedömas av en patolog.

Vitalfrysta celler från blod och benmärg

Mononukleära leukocyter separeras fram genom gradientcentrifugering med Ficoll-Paque Premium 1.077 g/l. Blod- eller benmärgsprov skiktas på Ficollösningen och centrifugeras vid 400g i 30 minuter med försiktig inbromsning. Under centrifugeringen bildas skikt som innehåller olika celltyper. Cellagret som innehåller mononukleära celler skördas och tvättas genom att överföras till ett nytt rör med PBS som centrifugeras vid 400g i 10 minuter, och supernatanten dekanteras. Resulterande cellpellet slammas upp i ny PBS och antalet viabla celler räknas i Bürkerkammare. Cellerna fördelas, beroende på antalet viabla celler, till ett antal ampuller för vitalfrysning av celler eller till rör för DNA-preparation.

DNA-pellets skapas genom att en del av cellsuspensionen förs till nytt rör som fylls med PBS och centrifugeras vid 350g i 10 minuter. Supernatanten avlägsnas och 1 ml frysmedium med DMSO tillsätts innan rören fryses och placeras i kryobehållare (Nalgene) med rumstempererad isopropanol.

Vitalfrysta celler skapas genom att resterande ovan nämnda cellsuspension späds i ny PBS och centrifugeras vid 400g i 10 minuter. Supernatanten avlägsnas, cellerna slammas upp och 1 ml frysmedium med DMSO tillsätts per ampull innan rören placeras i kryobehållare (Nalgene) med rumstempererad isopropanol.

Kryobehållaren placeras i frys, -70 °C, för långsam nedfrysning av cellerna (ca -1 °C per minut) innan ampullerna flyttas till tankar med flytande kväve för långtidsförvaring.

Forskningspersoner som medverkar i U-CAN ombeds att fylla i en enkät. En ny och mer omfattande version av enkäten med totalt ca 70 frågeområden togs i bruk under 2019 (finns i pdf-format på dokumentsidan "För sjukvårdspersonal"). Frågeområden som fanns i enkätversionen redan före 2019 är markerade med en stjärna (*) i listan nedan.

• Längd/vikt *
• Genetiskt ursprung
• Civilstånd *
• Boendeform *
• Antal boende i hushållet
• Socialt liv
• Ekonomisk situation
• Utbildning *
• Yrkesliv *
• Kapacitet och ork
• Alkoholvanor *
• Rökvanor *
• Det allmänna hälsotillståndet
• Tidigare cancer *
• Diabetes *
• Högt blodtryck *
• Högt kolesterol *
• Hjärtproblem *
• Hypothyreos *
• Lever-/gallsjukdomar *
• Njursjukdomar *
• Lungsjukdomar *
• Inflammatoriska tarmsjukdomar *
• Stroke *
• Organtransplantationer
• Utförda operationer *
• Psykisk ohälsa *
• Andra kroniska sjukdomar *
• Cancerutredning i släkten *
• Cancer hos dina föräldrar *
• Cancer hos första ledets släktingar (exempelvis: syskon, egna barn) *
• Cancer hos andra ledets släktingar (exempelvis: morföräldrar, faster, morbror...) *
• Cancer hos tredje ledets släktingar (exempelvis: kusiner) *
• Menstruationsfrågor *
• Användning av hormonella preventivmedel *
• Användning av östrogentillskott *
• Fertilitetsbehandlingar
• Gynekologiska operationer
• Äggstockscystor
• Endometrios
• Graviditeter/amning *

Svarsfrekvensen ligger på omkring 70% sett till hela U-CAN i Uppsala. En gång årligen skickas ifyllda enkäter för inscanning och automatiserad inläsning av data. Därefter kureras inlästa data manuellt med avseende på exempelvis inläsningsfel och fritextfält innan det importeras till enkätdatabasen.

Kliniska data hämtas primärt från patientjournalen och matas därifrån manuellt in i U-CANs egna databas Octopus. U-CAN samlar in och sparar en begränsad mängd kliniska data i Octopus, vilka främst är relaterade till kliniska händelser som har koppling till vår provtagning av patienterna (se listan nedan). Octopus togs i drift först 2019 vilket gör att en stor andel historiska data från tiden 2010-2019 ännu inte har hunnit fyllas i (vilket är ett pågående arbete).

Notera att listan endast innehåller de viktigaste variablerna som registreras i Octopus och utelämnar exempelvis kommentarsfält, variabler avsedda för statistik, information om specialprovtagningar och förekommande diagnosspecifika parametrar/variabler.

Övergripande

• Personnummer
• Kön
• Inklusionsår i U-CAN
• Inkluderande sjukhus
• Länstillhörighet
• Samtyckesdatum
• Samtyckesversion
• Kommentar till samtycke
• Vitalstatus
• Eventuellt dödsdatum

Diagnosdata

• Diagnos
• Diagnosdatum
• Diagnoskommentar
• Stadium
• T-stadium
• N-stadium
• M-stadium

Operationer/biopseringar

• Ingreppsdatum
• Typ av ingrepp/operation: kirurgi, biopsi, annat

Återfall/progress

• Datum för återfall/progress i sjukdom
• Typ av återfall: lokal eller fjärrecidiv
• Verifieringsmetod för återfallet
• Lokalitet för återfallet

Behandlingar

• Typ av behandling
• Indikation för behandling
• Behandlingens startdatum
• Behandlingens slutdatum
• Behandlingskommentarer

Patologi

• PAD-nummer
• PAD-år
• Finns FFPE-vävnad, ja/nej?
• Finns färskfrusen tumör, ja/nej?
• Finns färskfrusen normalvävnad, ja/nej?

Vätskebaserade prov

• Datum för provtagning
• Anledning till provtagning
• Antal kvarstående vialer i biobanken av:
  • Saliv
  • Helblod
  • Urin
  • DNA
  • Plasma
  • Serum

Forskare kan ansöka om att använda relevanta delar ur U-CANs databas för sin studie, under förutsättning att det är nödvändigt för studiens frågeställning och att studiens etiska tillstånd medger användningen av sådana data. För andra och mer djupgående kliniska data hänvisas forskare till att själva göra uttag från exempelvis de nationella kvalitetsregistren eller att själva utföra en egen journalgranskning.

Forskare kan även ansöka om att använda bilder från röntgenundersökningar eller bilder från histologiska preparat.