Datorbaserad modellering

Beskrivning

Med datorbaserade metoder kan vi uppnå en förståelse på atomär och molekylär nivå av olika system med relevans för läkemedelskemi. Vi använder molekylär dockning för att identifiera nya läkemedelskandidater baserat på deras interaktion med olika måltavlor. För att få djupare förståelse av interaktionerna, till exempel hur dessa utvecklas med tiden, använder vi oss av olika typer av molekyldynamiksimuleringar. Den här typen av simulation ger oss dessutom möjlighet att förstå proteinernas funktion i större detalj, samt, i kombination med så kallade ”free energy perturbation”-beräkningar tillåter en direkt kvantifiering av interaktionernas styrka. Vidare använder vi kvantkemiska beräkningar för att studera enzymatisk katalyserade reaktioner, samt för att understödja våra kollegor som arbetar med syntetisk kemi med förbättrad förståelse av olika reaktionsmekanismer som kan bidra till att anpassa och optimera experiment.