Kerstin Lindblad-Tohs forskargrupp
Jämförande genetik och genomik
Vårt övergripande forskningsfokuset är att identifiera gener och mutationer av relevans för sjukdomar hos hundar och människor. Två strategier används tillsammans för att uppnå detta. Med hjälp av jämförande genomik identifierar vi funktionella element i människans och däggdjurs arvsmassor och studerar deras utveckling och betydelse för sjukdomar. Med hjälp av jämförande genetik studerar vi hundar för att hitta sjukdomsmutationer, gener och sjukdomsmekanismer och sedan översätter vi dessa fynd till att förstå sjukdomar hos människor.
Det jämförande genomik arbetet omfattar Zoonomia-projektet som är en del av ett pågående samarbete med kollegor vid Broad Institute och över hela världen för att hitta funktionella element i den mänskliga arvsmassan. Under 2023 publicerade vi 11 artiklar i Science baserade på vårt Zoonomia-projekt. Som en del av projektet sekvenserade, alignade och analyserade vi 240 däggdjursgenom. Med dessa data kan vi avgöra om individuella positioner i arvsmassan är funktionella. För både kodande och regulatoriska element studerar vi de evolutionära förändringarna som ses bland arter, och av särskilt intresse är när dessa förändringar kan kopplas till anpassning/selektion för olika egenskaper och livsmiljöer. Zoonomia datat används också för att identifiera vilka mutationer som sannolikt ligger bakom sjukdomar, inklusive i amyotrofisk lateralskleros (ALS), psykiatriska diagnoser som tvångssyndrom (OCD) och flera cancerformer.
Hundens unika historia erbjuder en oöverträffad möjlighet att kartlägga gener som är viktiga för sjukdomskänslighet, morfologi och beteende. Hundens rasstruktur har resulterat i att vissa genetiska riskfaktorer anrikats inom specifika raser och aveln för dessa har genererat långa haplotyper. Hundar utvecklar spontant liknande sjukdomar som människor, de delar i stort sett samma miljö och har ungefär samma gener. Vår forskargrupp har kunnat kartlägga gener för både monogena och komplexa egenskaper inklusive vit pälsfärg, ALS, OCD, flera cancerformer och systemisk lupus erythematosus (SLE) liknande syndrom. För flera sjukdomar, inklusive immunologiska sjukdomar, har vi identifierat starka kandidatregioner hos hundar och har sekvenserat dessa hos mänskliga patienter med immunologisk sjukdom för att hitta gener associerade med motsvarande mänskliga sjukdom.