Teknologiutveckling
Inom forskargruppen jobbar vi mycket med metodutveckling av olika -omicsmetoder.
Projektbeskrivning
Vår förmåga att utföra storskaliga studier av ett antal av de viktigaste molekylära aktörerna som DNA, RNA, protein och cellulära metaboliter har kraftigt förbättrat vår förmåga att förstå komplexa biologiska system. Analys av kombinationer av DNA-, RNA- och proteindata, dvs multi-omikdata, utgör grunden för storskalig datadriven biologi och medicin. Den senaste tidens snabba framsteg inom datadriven vetenskap har möjliggjorts genom en kombination av storskaliga laboratoriemetoder med hög genomströmning och utveckling av sofistikerade bioinformatiska analyser. I detta projekt strävar vi efter att förbättra befintliga och utveckla nya tekniska lösningar som möjliggör storskaliga multi-omics-analyser med hjälp av nästa generations DNA-sekvensering (NGS).
Samarbetsparter
- Ann-Christin Wiman, NGI/SNP&SEQ Technology Platform, SciLifeLab Genomics, Uppsala
- Claudia Bergin, MSCG unit, SciLifeLab Genomics, Uppsala
Utvalda publikationer
Hård J, Mold JE, Eisfeldt J, Tellgren-Roth C, Häggqvist S, Bunikis I, Contreras-Lopez O, Chin CS, Nordlund J, Rubin CJ, Feuk L, Michaëlsson J, Ameur A. Long-read whole-genome analysis of human single cells. Nat Commun. 2023 Aug 24;14(1):5164. doi: 10.1038/s41467-023-40898-3. PubMed PMID: 37620373; PubMed Central PMCID: PMC10449900.
Raine A, Lundmark A, Annett A, Wiman AC, Cavalli M, Wadelius C, Bergin C, Nordlund J.scSPLAT, a scalable plate-based protocol for single cell WGBS library preparation. Sci Rep. 2022 Apr 6;12(1):5772. doi: 10.1038/s41598-022-09798-2. PubMed PMID: 35388090; PubMed Central PMCID: PMC8986790.
Han Y, Zheleznyakova GY, Marincevic-Zuniga Y, Kakhki MP, Raine A, Needhamsen M, Jagodic M. Comparison of EM-seq and PBAT methylome library methods for low-input DNA. Epigenetics. 2022 Oct;17(10):1195-1204. doi: 10.1080/15592294.2021.1997406. Epub 2021 Nov 17. PMID: 34709110; PMCID: PMC9542412.
Raine A, Liljedahl U, Nordlund J. Data quality of whole genome bisulfite sequencing on Illumina platforms. PLoS One. 2018;13(4):e0195972. doi: 10.1371/journal.pone.0195972. eCollection 2018. PubMed PMID: 29668744; PubMed Central PMCID: PMC5905984.
Raine A, Manlig E, Wahlberg P, Syvänen AC, Nordlund J. SPlinted Ligation Adapter Tagging (SPLAT), a novel library preparation method for whole genome bisulphite sequencing. Nucleic Acids Res. 2017 Apr 7;45(6):e36. doi: 10.1093/nar/gkw1110. PubMed PMID: 27899585; PubMed Central PMCID: PMC5389478.